El juego Pikmin 3 permitirá que el jugador controle hasta tres capitanes, es decir, tres personajes que, a su vez, manejan tropas de pikmins, con lo que Nintendo espera que el título tenga una mayor profundidad en su componente estratégico.
Shigeru Miyamoto, creador de la saga, ha explicado que "en Pikmin 3 los jugadores podrán controlar a tres capitanes o líderes diferentes cada uno con su grupo de pikmins y podrá alternar entre ellos".
"Esto permite que el juego se aborde desde una posición mucho más estratégica", ha explicado. "La cantidad de trabajo que se puede hacer al mismo tiempo se ha incrementado sustancialmente. Esto mismo ya hace que se incremente la profundidad de la estrategia con la que se puede abordar el juego".