Ubisoft ha introducido una serie de modificaciones en Far Cry 3 para su lanzamiento japonés censurando, así, algunos aspectos violentos y sexuales del título.
La presencia de cadáveres con heridas o mutilaciones de algún tipo ha sido eliminada. Se ha eliminado también una escena de carácter sexual y otra en la que se podía ver una herida abierta cambiando la edición visual de la secuencia para que esta se no se muestre en pantalla. Finalmente, se introduce un cambio en la jugabilidad del título: si el usuario mata a tres civiles seguidos, recibirá un mensaje de fin de partida.
En la versión occidental se advierte al usuario contra el asesinato de civiles y también puede penalizar al jugador, aunque la aplicación de la misma es más laxa y parece que el número de civiles que hay que matar puede variar según las circunstancias. El criterio es más estricto en la versión japonesa.
Los jugadores japoneses que opten por importar el juego desde mercados occidentales podrán esquivar estos cambios y disfrutar del juego en su idioma, ya que venía incluido en la versión para los otros mercados.