Precisamente he rejugado este juegazo hace bien poco.

Me pasé todos los bosses a la primera, no sé si es que ya los había jugado o algo, pero me parecieron bastante asequibles. Creí que eran más chungos.
Yo lo único que hacía cuando aparecían metroides era dejar que uno me cogiese, y luego tirar una superbomba (tenía 6 en total cuando me llegué al final). Y hacer eso 6 veces me bastó para vencerlo. Sólo tira una superbomba por tanda de metroides, o eso es lo que hacía yo al menos y me fue muy bien.
También ten en cuenta que si le das a los metroides con el rayo que debes darle al Metroid Prime te los cargas de primera, pero claro, lo suyo es darle al jefe con ese rayo.
Paciencia y tranquilidad, que tampoco es tan difícil realmente.
